Kanizsa településnek a kialakulási idejét nem tudjuk pontosan meghatározni. A Kanizsa névvel az írott forrásokban először 1193-ban találkozunk, ekkor csak a folyócskát említik Újudvar határainak leírásakor. Maga a név, a településre vonatkoztatva először 1245-ben tűnik fel Knysa alakban, egy vele szomszédos föld, Bille adományozása kapcsán. Ekkor terrának, vagyis földnek nevezik, amely e korban valamilyen földet, földterületet jelentett, ami lehetett kisebb és nagyobb, lakott és lakatlan is. Ugyanezen oklevélben megjelenik az akkori tulajdonos, Princ ispán neve is, akinek apja, Renold ugyanitt már II. András uralkodása alatt birtokos volt. A Kanizsa nevű terra nemcsak Princ birtoka, hanem a rokonságához tartozó kanizsai nemeseké is, mint ez az 1257-ben kelt oklevélből kiderül. Princ birtoka és a tulajdonképpeni birtokmag az ekkor már álló Szent Margit egyház után Szent Margit földnek nevezett terület. A birtok, a Via regis, a királyi út mellett feküdt, Lazsnaktól lenyúlt a mai vasútállomás magasságában a folyócska szigetén fekvő Kerektóig. 1262-ben Princ dél felé terjeszkedik, és megszerzi a kanizsai erdő használati jogait. Ekkor az ő népei a Szent Margit egyház mellett és Lazsnakon éltek. Még ugyanebben az évben Princ, birtoka mellett, a már említett rokonságtól, megszerez egy szigetet is a Kanizsa mocsaraiban. Az oklevelekből kirajzolódó Kanizsa ekkor egy nagyobb kiterjedésű birtok volt, amely észak-dél irányban húzódott a Kanizsa folyócska keleti partján. Két megnevezett település volt rajta, a Szent Margit föld és Lazsnak. Kellett lennie még egy településnek is, ahol a Princcel rokon kanizsai nemesek laktak, és neveik alapján (Egyed, Tibor, Péter, Fulkus, Juan) minden valószínűség szerint a Bikács nemzetség tagjai lehettek. 

 

A később Kanizsa néven nevezett település, amelyet először 1322-ben neveznek így, a Szent Margit földből fejlődött ki, és magába olvasztotta a szomszédos Lazsnakot. A korai Kanizsa település a mai Magyar utca vonalában feküdt, a Budáról Zákányon át Zágráb és a tenger irányába vezető királyi út mellett. A hozzá tartozó birtok határa északon a mai Palin, délen a Kerektónál lévő malom, a későbbi Pivári malom vonala volt, nyugati határát a mocsarakban kanyargó Kanizsa folyócska, a szabályozás utáni Principális alkotta. Keleti határait, szomszédja, Bille felé a források nem adták meg. A település délnyugati részén a 13. század végén tűnik fel Kanizsaszegi Eynard (Aynard) ispán, aki a korszak bizonytalan viszonyai között várat építtetett. A várat a településsel együtt a 13. század végének, a 14. század elejének zavaros viszonyai között a Kőszegiek bitorolták, akiktől a király számára 1319-ben ostrommal az Osl nembeli (Kanizsai) Lőrinc foglalta vissza. 1323-ban a király a várat, a hozzá tartozó hét faluval Lőrincnek adományozta. Kanizsa ekkor faluszerű földesúri gazdaság volt. A papja által fizetett pápai tized alapján a környék átlagos falui közé tartozott.

 

Kanizsa a 15-16. század fordulója körül lett mezőváros. Közvetett adatokból sejthető, hogy kiváltságait Kanizsai II. Miklós adta. De sem a mezővárossá válás időpontját, sem a kiváltságokat pontosan nem ismerjük. Kanizsa piacközponttá válását a Buda irányából a Zákányi réven át a tengerhez vezető főútvonal határozta meg. A forrásokban “hadiút, hadinagyút, királyútja” néven említett főútvonalról itt több útirány is elágazott. A legjelentősebbek ezek közül a Letenye–Lendva–Graz és a Gelse–Kapornak–Szombathely irányok voltak. Kanizsai II. Miklós tudatosan törekedett a település gazdasági jelentőségének növelésére. 1374-ben hosszú pereskedés után Kanizsára került Mórichelyről a vámszedési jog, majd felépült a Kanizsai család várkastélya. A nagy zarándoktömegek idevonzása céljából búcsú engedélyeket járt ki a kanizsai templomoknak. Pár évvel a halála utáni időszakból, 1409-ből származik az az oklevél, amely Kanizsát először mezővárosnak (oppidum) nevezi. Ugyanebből az okiratból tudjuk, hogy a hetivásár a keddi napon volt. 1483-ban már szombaton is tartottak hetivásárt. Az országos vásár Szent György-napkor volt. E vásárokra nemcsak a Kanizsai uradalomból, hanem legalább az 50 kilométeres körzetből jártak ide, sőt megfordultak itt külföldi kereskedők is. Tudunk plébániaiskola létezéséről, 1423-ban pedig a város fürdőjét említik. 1481-ben már ispotály is van. A Szent Margit plébániatemplom mellett 1374-ben a Szűz Mária templomról, 1423-ban az emellé épített ferences kolostorról is tudunk. Ezeken kívül egy kápolna is volt Kanizsán. 

 

Kanizsa mezőváros fénykora 1491-ig, a család székhelyét (rezidenciáját) itt tartó ágának kihalásáig tart. Legtöbb adatunk azonban abból az időből van, amikor már Kanizsa túl volt a fénykorán. A 16. század elejétől 19–19,5 telek a város nagysága, a jobbágyok zöme 1/4 telken gazdálkodott. Az 1510-es pestisjárvány után mindössze 19 adózó családfő maradt. 1530-ra a város magához tért, 68 negyed és 2 egész telek található itt. A török támadások az 1532. évi hadjárattal indultak, de az 1540-es évek közepétől kezdődött a folyamatos pusztítás. Ebben az időszakban a mezőváros kettéválik, Belső és Külső Kanizsára. Külső Kanizsa a régi, a vártól távolabbi, Belső Kanizsa pedig a várhoz közeli, a század közepén már palánkfalakkal és árokkal övezett, a vár külső váraként funkcionáló városrész neve volt. A török támadások mellett 1542-ben és 1553-ban újabb pestisjárvány is tizedele a lakosságot, ám a megpróbáltatások ellenére még 1563–64-ben is 50 család élt itt. Igaz, iparost már csak kettőt találunk. A falakon kívül azonban már csak 10 család élt. Az 1566-os török támadás után 14 adózó család maradt a városban, és a település már csak jogi státuszában tért el a környező falvaktól. 1570-re Külső Kanizsa teljesen elhagyottá vált, Belső Kanizsa is újonnan épült. Ekkor már a polgári életnek csak nyomai vannak, miután a várost a huszárság használja. A város 1574-es török elfoglalásakor is döntően a katonák hozzátartozóit hurcolják el. Ezután azonban még újjáépült. 1587–94 közötti időszakból alaprajzát is ismerjük. A mérnöki tervek alapján szabályos utcahálózattal megépült “város” azonban már nem hasonlít elődjéhez. 1600-ban Paradeiser főkapitány parancsára felgyújtották, a török pedig nem építette újjá.